KATE on PAS

◆利用方法

本プログラムは『使用許諾契約書』に記載されている内容を承認した後ダウンロードしてください。

◆開発の背景

KATE on PASは、生態毒性予測システム(通称:KATE)のスタンドアロン版として開発され、2009年に公開されました(通称:KATE2009)。ユーザーより要望のあった化学構造式などの機密性の保持をより確実なものとして、生態毒性予測が可能となります。2008年1月公開の生態毒性予測システム(KATE ver0.1)試用版では化学物質の部分構造の取得は商用プログラムを用いてきました。スタンドアロン版の開発は、商用のプログラムを無料配布することが不可能であること、利用者に対して費用負担を求めることは避けたいことから、独自プログラム構築の実績がある大分大学と共同研究を行い開発を進めました。

部分構造の取得プログラム図

部分構造の取得プログラム
「FITS;Fragment Identification by Tree Structure」を導入します。

KATE on PASは、入力が同じであればKATE on NETと同じ予測結果を出力します。

◆PAS「パス」: Platform for Assessment from Structureとは

PASは、化学物質の構造分類に基づいて、物性や毒性などを予測するための統合システムで、構造式の表示・入力プログラム、部分構造の取得プログラム(FITS)などからなります。 予測に必要なデータ部分を追加することで目的とする予測が可能となるように設計されています。部分構造のデータはFITSのルールにより規定されます。

詳しくは、平成20年度の生態影響に関する化学物質審査規制/試験法セミナーのテキストを参照ください。(環境リスク・健康研究センター:セミナー情報

PASの開発は、 2000〜2002年度(H12〜14)環境省環境研究総合促進費「環境中の複合化学物質による次世代影響リスクの評価とリスク支援に関する研究」の一環として大分大学で実施されました。また、「環境データの解析と環境中生物影響評価に関する研究」として、2005〜2008年度(H17〜20)には国立環境研究所と大分大学との委託・共同研究として実施されました。

◆KATE on PASとは

PASをプラットホームとして利用し、QSARモデルに基づくパラメータの設定値をデータ部分として追加することにより生態毒性予測システムKATEの仕様を実装したVB.NETプログラムおよび付属するソフトウエアを指します。
なお、KATE on PASは、2007年度〜2010年度(H19〜22)環境省「化審法審査支援等検討調査」の一環として国立環境研究所環境リスク・健康研究センターと大分大学において、研究・開発され、著作権は環境省が所有しています。

◆KATE on PASの概要

  • 本システムはOS がWindowsXP, Vista で.net framework をインストール済のパソコン で動作します。現時点ではWindows7での動作に対する不具合は報告されておりません。
  • SMILES 表記にされた化学物質の構造を基にKATE on NET と同じクラス分類とQSAR式で予測します。
  • データベース検索または描画ソフトによるSMILES入力が可能です。
  • 実測LogP値による毒性予測を基本とします。ユーザーがLogP値を指定しない場合は、US EPAで開発されたKOWWINによる計算LogP値または実測LogP値を使用します。なお、利用にあたってはKOWWINのライセンス契約の承諾が必要です。「使用許諾契約書」もご確認ください。
  • 化学物質が属するクラスの参照物質のグラフと図の一覧を表示します。

FITSを用いたシステムでのSMILESの入出力について

  • FITSにはSMILESの正規化のための独自ルーチンが組み込まれており、入力されたSMILESは正規化処理されますが、表示には入力したSMILESが出力されます。
  • ナトリウムNa、カリウムK は水素H に置換して予測しないと動作しません。
  • イオンは窒素イオンN+、リンイオンP+以外は対応していません。
  • 原子番号55以上の原子は対応していません。

その他の留意事項はマニュアルを参照ください。

◆データに関する留意事項

  • KATEモデルにおいてClogPと記載のあるQSAR式はDaylight社から提供されるCLogPプログラムを使用して、BioByte社のアルゴリズムにより算出したCLogP結果を利用しています。
  • Kate on PASのデータベースについて

◆その他

本システムで得られた予測結果は、十分な予測精度を保証するものではありません。化学物質の生態毒性影響の程度について、参考値を得るためのツールの一つとしてご利用ください。また、「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律(化審法)」に基づく届出に必要な生態毒性試験結果として利用することはできません。 著作権、免責、リンク等については、ダウンロードページおよびサイトポリシーのページをご覧ください。